U noći s 9. na 10. prosinca 2006. (točnije 10. prosinca u 0.01 sati) u cijeloj Europi, pa tako i na Hrvatskim željeznicama, počinje vrijediti novi vozni red vlakova i vrijedit će do 8. prosinca 2007. Ukupno će u voznom redu Hrvatskih željeznica 2006/07. voziti 804 vlaka, što znači devet vlakova više nego protekle godine.
Niz je novosti u međunarodnom prijevozu, pa tako EC vlak Goldoni na relaciji Venecija - Zagreb - Budimpešta postaje sezonski (vozi od 23. lipnja do 2. rujna), a u vremenu kad ne vozi vlak Goldoni po istoj trasi uvodi se u promet vlak Kvarner koji će voziti na relaciji Zagreb - Budimpešta i obrnuto. Također, vlak na relaciji Sarajevo - Osijek - Budimpešta mijenja voznu trasu iz noćne u dnevnu (polazak u 7.05 sati).
Uvodi se novi sezonski vlak na relaciji Prag - Bratislava - Zagreb s izravnim vagonima za Split; vlak u sastavu ima i vagone za spavanje, vagone s ležajevima, vagonski restoran, vagone za prijevoz praćenih automobila i vagone za prijevoz bicikala
Dodatni agencijski vlak vozi iz Njemačke do Rijeke te će na relacijama Dortmund – Rijeka i obrnuto i Hamburg Altona – Rijeka i obrnuto voziti ukupno tri vlaka.
Četiri para međunarodnih vlakova (Beograd - München – Beograd, Solun – Ljubljana – Solun, Beograd – Zagreb - Beograd i Beograd – Zürich - Beograd) skraćuju vrijeme putovanja za petnaestak minuta jer se od 10. prosinca 2006. granična i carinska kontrola obavljaju tijekom putovanja u vlaku od kolodvora Vinkovci do kolodvora Tovarnik, pa se u graničnom kolodvoru Tovarnik vlakovi zaustavljaju samo na jednu minutu.
U domaćem prijevozu, jutarnji ICN-vlakovi s polaskom iz Zagreba u 6.50 sati i iz Splita u 7.36 sati vozit će samo tijekom ljetne sezone (od 8. lipnja do 16. rujna), a uvedena su nova zaustavljanja ICN-vlakova u kolodvorima Lovinac i Kaštel Stari.
Putnicima je i dalje na raspolaganju usluga ICN-partnerstva (popust od 15 posto pri unajmljivanju automobila od Hertz rent a cara, popust od 20 posto kod noćenja u odabranim hotelima u Zagrebu i Splitu i popust od 20 posto kod objedovanja u određenim restoranima u Zagrebu i Splitu; pogodnosti vrijede i za neke IC-vlakove na relacijama Zagreb – Rijeka i Zagreb – Osijek i obrnuto.
Također uvedeno je niz novosti u regionalnom te gradskom i prigradskom prijevozu u Zagrebu, pa HŽ ukupno u gradsko-prigradskom prijevozu, zajedno s lokalnim vlakovima, nudi 355 vlakova s oko 145.700 mjesta na dan.
U teretnom prijevozu uveden je novi vlak Ro-La (prijevoz kamiona) na relaciji Spačva – Ljubljana te novi kontejnerski vlak na relaciji Rijeka – Beograd.