Odlukom Vlade Republike Hrvatske od 27. kolovoza 2004. osnovana je Koordinacija Vlade RH za usklađivanje obavljanja poslova nadzora i zaštite unutrašnjih morskih voda, teritorijalnog mora i zaštićenog ekološko-ribolovnog pojasa Republike Hrvatske radi osiguranja sustavnog i učinkovitog planiranja i djelovanja tijela državne uprave koja obavljaju poslove nadzora i zaštite Jadrana.
Koordinacija je počela sa praktičnim djelovanjem 3. listopada 2004., a u protekloj godini dana njen se rad pokazao izuzetno učinkovitim, što je vidljivo po većem broju obavljenih pregleda i kontrola na moru, te sankcioniranju pomorskih prekršaja, kao i smanjenju tekućih troškova.
Poduzeto je 1896 aktivnosti koje obuhvaćaju pregled plovila i isprava, nadzor u luci, plovnom putu, provjeru zastave, progon i uzapćenja plovila, nadzor nad onečišćenjem, obavljanjem ribolova, kulturnim dobrima te zaštitom okoliša, nadzor državne granice, carinski nadzor, nadzor kretanja stranaca, akcije traganja i spašavanja.
U tom razdoblju donijeto je 133 rješenja, podnijet je 261 zahtjev za pokretanje prekršajnog postupka, procesuirano je 19 kaznenih djela, naplaćeno 159 mandatnih kazni i izrečeno 130 upozorenja te oduzeta 224 ribolovna alata. Također, uzapćeno je 27 plovila, od toga 19 zbog sumnje na crni charter.
Koordinacija usklađuje poslove nadzora i zaštite mora slijedećih tijela državne uprave: Ministarstva mora, turizma, prometa i razvitka, MUP, MORH, MVP, Ministarstva zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva, Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodnog gospodarstva, Ministarstva financija, Ministarstva kulture. Koordinacija ima Stručno tijelo kojeg čine predstavnici ovih 8 ministarstava, a kojim predsjedava kap. Tomislav Miletić, pomoćnik ministra mora, turizma, prometa i razvitka za sigurnost plovidbe i zaštitu mora.
Stručno tijelo Koordinacije sastaje se na sjednicama jednom tjedno (četvrtkom) u Ministarstvu mora, turizma, prometa i razvitka, gdje raspravlja o brojnim pitanjima vezanim uz nadzor i zaštitu mora. Stručno tijelo redovno usuglašava područne planove djelovanja i predlaže ih Koordinaciji, te predlaže i organizira standardne operativne postupke za sve poslove koji se koordiniraju između ministarstava. Na sastancima područnih jedinica i operativnih tijela nadležnih ministarstava koje vode lučki kapetani utvrđuje se plan provedbenih mjera i akcija na moru, analizira stanje u okviru nadzora i zaštite mora, ostvaruje suradnja s drugim tijelima, te provode druge mjere i radnje u cilju postizanja većeg stupnja sigurnosti na moru.
Opravdanost ovakvog načina zajedničkog rada Koordinacije u nadzoru i zaštiti na Jadranu proizlazi iz činjenice intenzivnije suradnje svih nadležnih institucija u učinkovitom i brzom obavljanju operativnih i inspekcijskih poslova nadzora i zaštite na moru, izbjegavanju dualiteta nadležnosti i ovlaštenja, učinkovitog raspolaganja ljudskim i materijalnim resursima, jedinstvenog planiranja i standardizacije tehničkih sredstava, transparentnosti i racionalizacije financijskih sredstava te jedinstvenog načina izvješćivanja javnosti.